La desembocadura del río Andarax formaba un delta y un amplio estuario que permitía navegarlo curso arriba. Por eso los yemeníes que conquistaron esta zona decidieron ubicar Bayyana en el interior, a varias millas de la desembocadura del río, en su margen izquierdo y enfrente de la ibera Urci. Desde su fundación en el siglo IX esta ciudad asumió el papel de puerto del emirato y principal sede de la conexión marítima con Oriente.
En el año 955 decidió que se ampliara el puerto de Bayyana y se amurallara. En torno a este puerto y al pie de la fortaleza que lo defendía, se comenzó a construir la actual ciudad de Almería con planta califal, recinto amurallado y estatuto de medina.
Sabemos (por el mismo Al Himyari) que se había construido una torre vigía (mariyya) en la costa, para proteger el puerto de Bayyana. Desde ella, conocida como Mariyat Bayyana (la torre vigía de Pechina) se alertaba de la llegada de barcos enemigos, por lo que se situó en un promontorio de las últimas estribaciones de la Sierra de Gádor, desde el que se dominaba todo el golfo y gran parte del mar circundante. Una de aquellas torres vigías debió de convertirse en una gran fortaleza con capacidad para albergar una tropa suficiente que asegurara la defensa de la costa. Esa fortaleza es nuestra Alcazaba. Y cuando Abderramán III decidió ampliar el puerto y construir una medina, mariyyat Bayyana perdió la relación de dependencia con Pechina y se convirtió en al-Mariyya, nuestra actual Almería.
En el año 955 al-Mariyyāt Bayyāna recibió el título de medina, al decidir Abderramán III trasladar allí la capital de la Cora (fortaleza)
En el año 961 muere Abderramán III, quince años después ascendió la última gran figura del califato, Almanzor. Jairan-al-Amiri era uno de sus muchos esclavos de raza eslava, que ganó su libertad al destacarse como oficial de su ejército en las más de 60 razzias o correrías por los reinos cristianos que desarrolló su amo. Tras morir Almanzor se desató una guerra civil feroz en Córdoba. Jairán, con la parte del ejército que mandaba y continuó siendole fiel, jugó un papel importante al principio de estos sucesos en apoyo del califa legítimo. En 1009 éste fue destituido, pero los enfrentamientos civiles continuaron, y en 1013 los bereberes asolaron Córdoba, hicieron desaparecer al califa y dieron por muerto a Jairán, que en realidad comenzaba su historia al lograr huir malherido con un grupo de leales.
Tardó varios meses en reponerse de sus heridas. Cuando estuvo restablecido decidió dirigirse a Almería para reclamar su derecho de gobierno de la ciudad. Llegó a ella en julio de 1014, y se la encontró controlada por un caudillo local, también eslavo y llamado Aftáh. Para entrar en ella, tuvo que sitiarla durante dos semanas, y cuando lo consiguió, se proclamó rey de Taifa, uno de los hasta 39 en los que se iba a dividir el territorio del califato.
Se dedicó entonces a promover el desarrollo de la ciudad y a consolidar y extender el territorio de su reino. No obstante, siguió participando en las contiendas de Córdoba, siempre en apoyo del califa legítimo. Tras una vida agitada y fecunda murió plácidamente en la Alcazaba en el 1028, sucediéndole su lugarteniente Zuhair-al-Amiri.
En el 1013 dieron por muerto a Jairán, pero este volvería para reclamar la ciudad de la que fue Valí en vida del anterior califa, y proclamar la Taifa de Almería en 1014
Cuando Jairán proclamó el Reino de Taifa, Almería era ya uno de los puertos más importantes del Mediterráneo, su fortaleza (la Alcazaba, llamada a partir de entonces el Castillo o Caala de Jairán) era reconocida como casi inexpugnable, y contaba con más de treinta mil habitantes, población poco usual en la época. Su prosperidad económica era elevada, su nivel cultural y social muy alto, y su poder militar importante, basado sobre todo en la flota que atracaba en su puerto.
Almería mantuvo su esplendor hasta que fue conquistada el 17 de octubre de 1147 por una gran coalición integrada por castellanos (Alfonso VII), catalanes (Ramón Berenguer IV) y navarros (García VI), además de francos, pisanos y genoveses, que aprovecharon la convocatoria de la Segunda Cruzada por el papa Eugenio III. Durante la ocupación la ciudad fue sometida a una destrucción y un saqueo sistemáticos.
Las repúblicas cristianas utilizaron la cruzada como excusa para acabar con el dominio almorávide del mar mediterraneo que se ejercía desde el puerto de Almería. Este hecho aun se refleja en la bandera y escudo de la ciudad, que contiene la cruz de San Jorge, estandarte de la república de Génova.
Los almohades reconquistaron la ciudad en 1157, tras diez años de dominación cristiana. Pero su intento por volver a unificar el califato fracasó.
Cuenta el profesor Garrido que la puerta más importante y lujosa de las murallas, con su sólido entramado de madera recubierto de cuero y bronce, fue trasladada a Barcelona y colocada en su muralla, en lo que se llamó Puerta de la Boquería, nombre que él atribuye a que los que la contemplaban se quedaban con la boca abierta, impresionados por su riqueza y magnificiencia. Se sabe que estuvo allí hasta el siglo XVI.
En 1213 muere el último califa almohade y Fernando III el Santo realiza un importante empuje a la reconquista tomando Córdoba, Jaén, Sevilla y Murcia.
El señor de Arjona Ibn Nasar llamado Al-Hamar (el Rojo) entró en Granada en 1236 gritando “al Galib bi-llah” frase que se convertiría en divisa de la dinastía nazarí y que se grabaría repetidamente en las paredes de la Alhambra. Un año después Almería fue incorporada al reino de Granada.
En el año 1489 los reyes cristianos volvieron a tomar la ciudad esta vez de forma definitiva. Perder Almería dejó a Granada en una grave situación que significaría su caída el 9 de enero de 1492.
Almería fue incorporada al Reino Nazarí en el año 1237, acabando la etapa en la que Almería fue Almería y Granada era su alquería.